A RPIA é uma revista científica com revisão pelos pares (peer-review) e rege-se de acordo com as boas normas de edição biomédica do International Committee of Medical Journal Editors (ICMJE), do Committee on Publication Ethics (COPE) e do EQUATOR Network Resource Centre Guidance on Good Research Report (desenho de estudos). A política editorial da revista incorpora no processo de revisão e publicação as Recomendações de Política Editorial (Editorial Policy Statements) emitidas pelo Conselho de Editores Científicos (Council of Science Editors), disponíveis em http://www.councilscienceeditors.org/i4a/pages/index.cfm?pageid=3331, que engloba responsabilidades e direitos dos editores das revistas com arbitragem científica.

Todos os artigos são revistos ​​ por revisores externos independentes que determinam a sua aceitação para publicação. A Revista Portuguesa de Imunoalergologia utiliza um sistema de revisão por pares duplamente‐cego em que tanto os autores como os revisores são anónimos; ou seja, os revisores não sabem os nomes dos autores, e os autores não sabem quem reviu o seu manuscrito.

Após a submissão pelo autor correspondente, são verificados preliminarmente os manuscritos submetidos. Se considerada em conformidade com as diretrizes de submissão, políticas editoriais e padrões éticos, a submissão é avaliada pelo Editor-Chefe, que decide se deve prosseguir com a revisão por pares e pode designar um Editor Associado adequado como o editor responsável para orientar o processo de revisão por pares. O editor responsável envia convites de revisão a especialistas externos independentes, que ponderam sobre o convite considerando sua própria experiência, conflitos de interesse e disponibilidade e, em seguida, o aceitam ou recusam, possivelmente sugerindo revisores alternativos.

Cada submissão é revista por, no mínimo, dois especialistas na área, levando em consideração originalidade, solidez científica, desenho do estudo, fontes de viés, entre outros. Os revisores submetem uma revisão detalhada do manuscrito à Revista e recomendam a aceitação ou rejeição do artigo, ou solicitam uma nova revisão antes de ser reconsiderado. Se a avaliação dos revisores diferir amplamente, o editor responsável pode convidar um revisor adicional antes de sugerir uma decisão. A submissão é então enviada ao Editor‐Chefe, que toma a decisão final. Todos os artigos, exceto Editoriais, são revistos ​​externamente por pares antes de a decisão final ser tomada sobre a aceitação para publicação.